L’atrio del battistero, composto di due ali porticate pavimentate con mosaici policromi e un cortile centrale scoperto con piano in tasselli lapidei, era collegato alla cattedrale di Santa Maria tramite una scala monumentale posta nell’angolo del porticato meridionale, creando un percorso simbolico e funzionale per i fedeli. Questo polo battesimale di Canosa, uno dei più grandi dell’Italia meridionale, rivela l’importanza strategica e religiosa della città nel VI secolo.

In asse con l’ingresso mediano al nartece era collocata, sul fronte opposto all’edificio battesimale, un’esedra, all’interno della quale doveva probabilmente aprirsi l’accesso all’atrio dall’esterno.

Al centro dell’atrio doveva situarsi un bacino di raccolta dell’acqua o più probabilmente una fontana, alimentata da alcuni tratti di canalizzazione individuati nel corso degli scavi; questo bacino fu trasformato in età moderna in una cisterna, tuttora conservata.

Dimensioni e caratteristiche dell’atrio appaiono in tutto rispondenti a quelle del medesimo dispositivo fatto realizzare dallo stesso Sabino davanti alla chiesa del vicino complesso cimiteriale di San Pietro, nella periferia sud di Canosa.