Tra XI e XII sec. la zona ovest della navata centrale della chiesa di S. Maria fu riadattata per ospitare un piccolo edificio sacro, lungo oltre 12 metri, diviso in tre navate da due file di pilastri. Per la costruzione furono adoperati molti elementi di reimpiego. Gli archeologi hanno anche individuato un edificio quadrangolare, dai muri spessi, addossato al lato sud della chiesa, interpretato come campanile.

Il battistero, nel frattempo, continuò a essere in uso e nel corso del XIII secolo, al suo interno, fu fusa una campana: sono stati trovati, infatti, l’impianto di fusione insieme ai frammenti di uno stampo in argilla con impresse le lettere che dovevano essere incise sul bordo della campana che, probabilmente, potrebbe essere stata realizzata proprio per la vicina chiesa medievale.